Udfærdigelse og forhandling af kontrakter med eksterne samarbejdspartnere vil på Aarhus Universitets vegne oftest forestås af AU ET, der er Aarhus Universitets technology transfer office samt enheden for eksterne relationer og erhvervssamarbejder. AU ET påser, at alle aftaler overholder de særlige love og regler, som universitet er underlagt. Endvidere sørger AU ET for, at aftalerne altid underskrives af de rette personer.
Det er Aarhus Universitets mål, at der ved afslutning af forhandlingsfasen skal være skabt fuldstændig klarhed over de respektive parters forventninger til samarbejdet.
Nedenfor er nævnt specifikke aftaletyper, som er særligt relevante for forskningssamarbejder.
En aftaler om udførelse forskning kan indgås enten som en aftale om samfinansieret forskning eller en aftale om rekvireret forskning.
Det vil altid være fastlagt i den konkrete aftale mellem Aarhus Universitet og den eksterne samarbejdspartner, hvilken brug parterne kan gøre af produktet af samarbejdet (forskningsresultaterne). Den konkrete aftales vilkår vil afspejle typen af samarbejde – samfinansieret henholdsvis rekvireret forskning – og parternes respektive bidrag.
Uanset karakteren af samarbejdet vil Aarhus Universitet altid sikre, at aftalen er udformet, så samarbejdspartneren kan gøre tilstrækkelig brug af forskningens resultater til at opfylde formålet med forskningen for samarbejdspartneren. Det er åbenbart, at det er en forudsætning for, at private samarbejdspartnere fortsat vil anvende Aarhus Universitet til at løse forskningsmæssige opgaver, at resultaterne også kan bringes i praktisk anvendelse af samarbejdspartneren.
I langt de fleste samarbejder vil det være nødvendigt for parterne at udveksle fortrolige oplysninger. Typisk vil det endda være en forudsætning for overhovedet at indgå en samarbejdsaftale om et konkret forskningsprojekt, at parterne allerede i forhandlingsfasen har afdækket muligheden og grundlaget for et samarbejde ved at udveksle fortrolig viden.
Det er vigtigt, at fortrolige oplysninger også behandles fortroligt.
Uanset om parterne indgår en særlig aftale om fortrolighed, sikrer dansk ret, at en modtager af oplysninger i nogle tilfælde er forpligtet til at holde oplysningerne hemmeligt. Sædvanligvis indgår Aarhus Universitet dog udtrykkelige Non-Disclosure Agreements (NDA), når fortrolig information skal udveksles med universitetet som modtager eller afsender. En NDA har til formål at etablere et fortroligt miljø, hvor udveksling af oplysninger kan ske frit.
Hvor et samarbejde mellem Aarhus Universitet og en ekstern partner omfatter overførsel af fysisk materiale, vil parterne indgå en MTA (Material Transfer Agreement). Dette kommer oftest på tale, hvor en part som led i forskningen skal anvende biologisk materiale, cellelinjer, kemiske stoffer eller lignede, der tilhører den anden part. Det formålet med en MTA at skabe fuldstændig klarhed over parternes rettigheder og forpligtelser i forhold til overdragelsen.
Forskningssamarbejder kan resultere i, at ny viden opstår, som har karakter af en opfindelse.
Begår Aarhus Universitets forskere en opfindelse, vil universitetet ofte søge at kommercialisere den. Dette indebærer først og fremmest, at opfindelsen skal patentbeskyttes. Dernæst indebærer det, at opfindelsen skal udnyttes – f.eks. gennem en licens til en ekstern part.
En licensaftale med en ekstern part kan være på eksklusive eller ikke-eksklusive vilkår, og i fraværet af en regulerende aftale vil den altid blive forhandlet på markedsvilkår.
Som særligt hensyn i licensaftaler har Aarhus Universitet altid, at licensaftalen ikke må blokere forskernes videre arbejde. En aftale må således ikke hindre forskernes adgang til at fortsætte forskningen inden for samme område.
Rettigheder over opfindelser i forskningssamarbejder vil oftest være reguleret allerede i samarbejdsaftalen. Det er sædvanligt, at den private virksomhed tildeles en forrang til at forhandle om licens. I visse tilfælde vil licensvilkårene være fastsat allerede i samarbejdsaftalen.